Desa Besmarak dibentuk dengan Keputusan Gubernur KDH. Swatantra Tk. I Nusa Tenggara Timur Nomor : Und.2/1/27 tanggal 4 November 1964 tentang Pembentukan Desa Gaya Baru di Seluruh Daerah Swatantra Tingkat II Dalam Wilayah Daerah Swatantra Tingkat I Nusa Tenggara Timur dan ditindaklanjuti dengan Surat Keputusan Bupati KDH Tk. II Kupang Nomor : DD.12/II/I tanggal 7 Mei 1969 mengenai Pembentukan Desa – Desa Gaya Baru di Kabupaten Daerah Tingkat II Kupang.

Desa Besmarak adalah suku Helong asal mulanya datang dari sorong (Merauke), masuk lewat Dili Tim-Tim (Batu Gede) kemudian ke Atapupu lewat Atambua; yang mana kata Atambua arinya “ Hamba tetapi jangan diganggu”.

Besmarak berasal dari dua suku kata yakni BES artinya Pohon KaBESak dan MARAK  artinya Cap. Dari kedua suku kata tersebut diatas BES-MARAK artinya Pohon Kabesak yang sangat rimbun dan besar yang dimarak atau dicap oleh siapa saja yang berlindung dari perjalanan yang jauh.

Pada tahun 1951 Desa Besmarak dikepalai oleh Temukung Koen Neno dari Kolhua dari 1951 s/d 1963. Setelah temukung Koen Neno, terbentuklah 5 ketemukungan besar yaitu Temukung Boy Nenobesi, Beta Bilaut, Tofilus Nenobesi, Paulus Nenobesi dan Yulius Nenobesi pada tahun 1964 – 1965.  Pada masa itu, struktur pemerintahan Hindia Belanda diatur secara berjenjang mulai dari pemerintahan Onderafdeeling, Swapraja, Kefetoran hingga Ketemukungan besar (temukung tuan) dan Ketemukangan kecil (temukung ana) dalam menjalankan tugasnya sebagai Pembantu Fetor, seorang Temukung dibantu oleh Pembantu Temukung (Nakaf) dan seorang Mafefa (juru bicara). Ketemukungan yang mebawahi beberapa Blalan atau Amnasit (Tua adat) memiliki peran dan kedudukan yang sangat strategis karena pemerintahan level terendah ini diberi kewenangan untuk langsung mengurus masyarakat. 

Perubahan nomenklatur dan sistem pemerintahan Desa berdasarkan Surat Keputusan Bupati KDH Tk. II Kupang Nomor : DD.12/II/I tanggal 7 Mei 1969 mengenai Pembentukan Desa – Desa Gaya Baru di Kabupaten Daerah Tingkat II Kupang, dengan pembentukan  Desa Gaya Baru di Kabupaten Dati II Kupang tersebut maka secara de facto pemerintahan Ketemukungan dinyatakan tidak berlaku lagi sehingga sebanyak 5 ketemukungan dilebur menjadi 1 desa.

Pada masa tersebut, Kepala Desa pertama dijabat oleh Yulius Nenobesi dari Tahun 1967 – 1972, kemudian Kepala Desa kedua dijabat oleh Hermanus Bilistolen dari tahun 1972 – 1974, Kepala Desa Ketiga dijabat oleh Yusuf Nainatun dari tahun 1974 – 1982, Kepala Desa keempat dijabat oleh Ellias Timate dari tahun 1982 – 1984, dan oleh karena meninggal,  kemudian dilanjutkan oleh PenjabatKepala Desa (Karteker) kelima oleh Soleman Foenay dari tahun 1984 – 1985, Kepala keenam dijabat oleh Desa Petrus Bilistolen dari 1985 – 2004, selanjutnya Kepala Desa ketujuh dijabat oleh Yotam Bilaut dari tahun 2004 – 2009, dan oleh karena masa jabatan Kepala Desa ketujuh atas nama Yotam Bilaut berakhir pada bulan Juni tahun 2009 belum ada Proses Pemilihan maka dilanjutkan oleh Absalom Seo sebagai Penjabat Kepala desa selama 6 bulan ( Juli s/d Desember 2009 ). Pada tahun 2009 – 2015 Yotam Bilaut kembali menjabat Kepala desa periode ke 2, dan oleh karena masa jabatan Yotam Bilaut pada periode ke 2 berakhir pada bulan Juni 2016 belum ada proses pemilihan maka diangkat Absalom Seo sebagai pejabat kepala Desa selama 6 bulan ( Juli s/d Desember 2016 ). Pada tanggal 23 November 2016 diadakan pemilihan Kepala Desa sehingga terpilih Petrus Laazar Timate sebagai kepala Desa Besmarak periode 2016 – 2022. Oleh karena pada tahun 2022 Petrus Laazar Timate maju lagi menjadi kepala desa besmarak untuk periodeke 2  dan sesuai aturan yang besangkutan harus cuti maka bupati Kupang mengangkat Absalom Seo sebagai pejabat Kepala Desa Besmarak dari bulan selama 3 bulan (agustus – November 2022). dan Pada Tanggal 7 November Tahun 2022 diadakan Pemilihan kepala Desa Besmarak sehingga kembali terpilih Petrus Laazar Timate Sebagai Kepala Desa Besmarak untuk periode kedua Tahun 2022-2028.